保護柱所謂保護柱，即在分析柱的入口端，裝有與分析柱相同固定相的短柱(5~30mm長)，其作用是收集、阻斷來自進樣器的機械和化學雜質，以保護和延長分析柱的使用壽命。現在市場上供應的結構新穎可更換柱芯式設計的保護柱，由保護柱套和可更換的保護柱芯兩部分組成。
采用保護柱會使分析柱損失一定的柱效，因此選擇保護柱的原則是在滿足分離要求的前提下，盡可能選擇對分離樣品保留值低的短保護柱。保護柱裝填的填料較少，價格較低，為消耗品，通常可分析50~100次樣品，柱壓力降呈現增大的趨勢就是需要更換保護柱的信號。
那么，液相色譜保護柱如果裝反了，會產生什么后果呢？
有兩種情況：
一種是保護柱是新柱，那即便裝反，也沒太多影響。
另一種是保護柱是用過一般時間后，再裝反了的，這個情況估計會將分析柱柱頭堵塞，看看系統的壓力是否有明顯比以往增大，如果系統壓力與以往差不多，那應該沒啥大問題
另外，很多時候，就算是分析柱，有時候柱子給堵塞了，一般的改決方法是反接分析柱進行適當的沖洗，因此，保護柱裝反，不會有太多不良后果。
