一、色譜柱的平衡
平衡過程中，將流速緩慢地提高用流動相平衡色譜柱直到獲得穩定的基線。緩沖鹽或離子對試劑度如果較低，則需要較長的時間來平衡。
二、色譜柱的維護
1、使用預柱保護分析柱（硅膠在極性流動相/離子性流動相中有一定的溶解度）；
2、大多數反相色譜柱的pH穩定范圍是2～7.5，盡量不超過該色譜柱的pH范圍；
3、避免流動相組成及極性的劇烈變化；
4、流動相使用前必須經脫氣和過濾處理；
5、如果使用極性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢柱子沖洗干凈，并保存大乙腈中；
6、壓力升高是需要更換預柱的信號。
三、色譜柱的選擇
1、按樣品極性選擇
弱極性樣品：可選OV-1，SE-30，OV-101，SE-52，SE-54。
中極性樣品：可選OV-17，OV-1701，XE-60，OV-225，OV-210。
極性樣品：可選PEG-20M,FFAP,OV-275,DEGS。
2、按樣品酸堿性選擇
堿性樣品：弱堿性可選OV-1，SE-30等；
強堿性可選堿性PEGB
酸性樣品：FFAP
3、按樣品沸點選擇
高沸點物質可選OV-1，SE-30，SE-54等交聯柱，薄液膜
4、毛細管內徑的選擇
成品分析：小口徑 0.25mm，0.32mm ，薄液膜；
痕量組分分析：大口徑，厚液膜，0.53mm。
